El FONMAR cuenta con la Dirección Técnica a cargo de un Director, quien es el encargado y responsable de la administración diaria del fideicomiso conforme a las políticas y lineamientos que emita el Comité Técnico y demás disposiciones normativas aplicables. Para el desahogo de los asuntos de su competencia se auxiliará de las áreas administrativas siguientes:

a. Unidad Jurídica.

b. Departamento de Transparencia.

c. Departamento de Administración.

d. Coordinación Estatal de Distribución de Permisos de Pesca Deportiva.

e. Coordinación de Torneos de Pesca Deportiva.

f. Coordinaciones Municipales de Ordenamiento, Inspección y Vigilancia.