El  FONMAR  cuenta con la Dirección Técnica a cargo de un Director, quien es el encargado y responsable de la administración diaria del fideicomiso conforme a las políticas y lineamientos que emita el Comité Técnico y demás disposiciones normativas aplicables. Para el desahogo de los asuntos de su competencia se auxiliará de las áreas administrativas siguientes:

a.  Coordinación Jurídica.

b.  Coordinación de Transparencia y Difusión Institucional.

c.  Coordinación Administrativa.

d.  Coordinación Estatal de Distribución de Permisos de Pesca Deportiva.

e.  Coordinación de Torneos de Pesca Deportiva.

f.  Coordinaciones Municipales de Ordenamiento, Inspección y Vigilancia.