El FONMAR cuenta con la Dirección General a cargo de un Director, quien es el encargado y responsable de la administración diaria del fideicomiso conforme a las políticas y lineamientos que emita el Comité Técnico y demás disposiciones normativas aplicables. Para el desahogo de los asuntos de su competencia se auxiliará de las áreas administrativas siguientes:
a. Coordinación Jurídica.
b. Coordinación de Transparencia y Difusión Institucional.
c. Coordinación Administrativa.
d. Coordinación Estatal de Distribución de Permisos de Pesca Deportiva.
e. Coordinación de Torneos de Pesca Deportiva.
f. Coordinaciones Municipales de Ordenamiento, Inspección y Vigilancia.