La constitución, administración y operación del FONMAR se encuentra sujeta a las disposiciones establecidas en los siguientes ordenamientos legales:
- Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos
- Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Baja California Sur
- Ley Federal de Derechos
- Ley General de Pesca y Acuacultura Sustentables
- Ley de Adquisiciones Arrendamientos y Servicios del Estado de Baja California Sur
- Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de Baja California Sur
- Ley de Responsabilidades de los Servidores Públicos de Estado y de los Municipios de Baja California Sur
- Ley de Hacienda del Estado de Baja California Sur
- Ley de Transparencia y Acceso a la Información Pública para el Estado de Baja California Sur
- Ley de Pesca y Acuacultura Sustentables del Estado de Baja California Sur
- Ley de Derechos y Productos del Estado de Baja California Sur
- DOF 23-Jul-2015 Convenio Colaboración Administrativa / Convenio de Colaboración Administrativa en Materia Fiscal Federal celebrado entre la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y el Estado de Baja California Sur a fin de que las funciones de administración de los ingresos federales señalados en el mismo se asuman por parte de la entidad a fin de ejecutar acciones en materia fiscal dentro del marco de la planeación nacional del desarrollo publicado en fecha 23 de julio del 2015
- DOF 30-Jul-2004 Anexo 9 – Acuerdo Modificatorio / Anexo “9”.- Acuerdo mediante el cual la federación transfiere al Estado de Baja California Sur las funciones operativas de administración en relación con los derechos vinculados con la pesca deportivo-recreativa, estableciendo los términos del ejercicio de las facultades
- FONMAR Convenio Modificatorio / El Primer Convenio de Modificación Integral del Contrato de Fideicomiso Irrevocable de Administración e Inversión denominado “Fondo para la Protección de los Recursos Marinos del Estado de Baja California Sur (FONMAR)” de fecha 05 de septiembre del 2013
- SAGARPA-BCS Convenio Distribucion 2015-2018 / Convenio de Colaboración entre el Ejecutivo Federal a través de la Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA) por conducto de la Comisión Nacional de Acuacultura y Pesca (CONAPESCA) y el Ejecutivo del Estado de Baja California Sur para la distribución de permisos individuales para las actividades de pesca deportivo-recreativa en el estado de Baja California Sur, que se encuentre vigente
- Reglamento de la Ley de Pesca
- BCS Boletin Oficial Numero 41 20-Sep-2006 Lineamientos para el Ejercicio del Gasto de la Administración Pública Estatal
- DOF 25-Nov-2013 NOM-017-PESC-DOF – Modificación / Norma Oficial Mexicana 017-PESC-1994
- BCS Boletin Oficial Numero 43 20-Jul-2004 Normas para la Afectación Baja y Destino Final de Bienes